mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCTGTCCTTGGCTACA TGCCATGTGCTATGAGGTAGAGAACGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGAACCTGGAGGCGTCTCAGCTTGCTGTGCTGTGGCTTAGAACTTAGTCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACACCTAGTTCTCTTCCTCTCGTGTATGGCC AACACTTGCAGACTCTCCCTCCACACAGAGAAGCAAAGAAACCACACCACAGTCGTAGGGGAAGGGAGAGGAGGGAGGGTGGCTTCTGCTGGGTTGCCATGTGCTATGAGGTAGAGAACGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGAACCTGGAGGCGTCTCAGCTTGCTGTGCTGTGGCTTAGAACTTAGTCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACACCTAGTTCTCTTCCTCTCGTGTATGGCCCTCAAGCACCGTCAAGAGATCTAGGACCTGCATTCATATATCATCAGCCCACTCCAGAGGAAACGTAAGGGCAAACGAAAAGGCCAAATCGAAGTACAGCAGGCGCTGCACGACAAGATTCCTCGAGGCTCCTGATGCTCAGCAACAGCAAATTAAATGTCGTCATAGCATCTACAGTAATTAAATTGTGTGGCATACAAAAGAAAACATGTACTAGCATGCATGACAGGATATCGGGGCAGAAAGGTAGCATCAGCTAGCGTTGGAGTTGATGCGTACCATGTTGAGAAAGTGTTGCATTCTTTTATTCAAAAGGGGCAAAATGAATAGACGATAGGTTACCAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 5' arm Zea_mays mirnest MIR169_2 7e-62 zma-MIR169c 4e-72 -71.4 .(((((((((...((((.((((((((((.((.((((((((((((((((((((((...........(((...(((.((((.((...))...)))).))).))))))))))))))).)))))))))).))))).))))))).))))..))))))))). (-71.4)