mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCCCAAAATATTA TGATATTATATACTCCCTCCGTCCCAAAATATTAGTCGTTTTAGCCATTGAATTTATGTCTATATTTAAATGAATGACAATGAATCTATATATAATATAAAACACATACATTAAGTATTGTATGAATCTAGTAAAATGCTAAAACGACTAATATTTTGGGACGGAGGGAGTACAAAATAAC GTAATGCCACGCCCAGAGAATCCAAAAGGTTGCTGATATAAAAAGTTGCTAATAAGTGGTGGAACTTTTAGCGGAGTAAAATTGTATGCCTTTATGAAATAACTGAAGTAGATATGTTGGCATGCTATTGTTTGAATCAAGAAATGATATTATATACTCCCTCCGTCCCAAAATATTAGTCGTTTTAGCCATTGAATTTATGTCTATATTTAAATGAATGACAATGAATCTATATATAATATAAAACACATACATTAAGTATTGTATGAATCTAGTAAAATGCTAAAACGACTAATATTTTGGGACGGAGGGAGTACAAAATAACAAGACGAGAAATGACTGTATGAAATCAATTAAGGCAAATACAAAACCTCTTCATCTTGTGTTGATATTTTATTTCAGACACATACTTAAATTAAGAAACAATTTTATCTAATGATATGAAGCTGGACGTGTATTGGCATGCTTTGATTATGTAATTTATTGCTGTTATCTACACTTCTCACATACAAGTGCTGACATCTCAATGGAGCTAAATAA 0 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.0000002 tae-MIR1122 0.00004 -63.6 ..........(((((((((((((((((((((((((((((((((((....((.(((((((.(((((.((.((..((....))..)).)).))))))))))))...((((((........))))))..)).........)))))))))))))))))))))))))))))))))))......... (-63.6)