mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGTCGATTTCATTTCATG TAATTAGCTGTGCA GGCCGTGTCGTAATTAGCTGTGCAGAACGTAGCTGGCGATAATTAATGACGTTGGTCACGTTGGTTTCATGTCGATTTCATTTCATGACACGGCCG 3 9 3' arm Drosophila_grimshawi mirbase mir-288 3e-38 dvi-mir-288 2e-39 -36.21 ((((((((((((((..((((.((..(((((..(..(((.((.....)).)))..)..))))).))..)).))..))).......))))))))))). (-36.21)