mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCTCCCTTCACACCAATAA TTTGGAGTGAAGGGAGCTCTG GTCTTAAGGCGGTGCTCCCTTCACACCAATAAACGGTCGATCTGATGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTGTCCCATCTCATCAGAGAGAGAGAAGATCGTGAGAGAGCGAGAGATGCTTGAGATGGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCCTCGTCCCCTTCGTTGACCGCTGTTTGGAGTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGC CTGCATGCATGAGTCAGCACAGCATCGTCTTCCCATGCTACTCGCGTGAATATGAATCGATGCTTATCTCGCATCAATCAATCGACGCTCTTCCGTCTCTTCTATCAATCAACGTTCTCTAGTGAAAGAACCGGCCCTTGAGTGGTATATGTATTGCTGCGGCCTGCGACGAGTTGAGCAGCTAAGCTATGTTGCTATCTTTTGTTTTTATCTTCGGAGATCTTTTATTAGCGCTATGACAACTGGACAAGTGGTTGTTTGTTTGTGCTGCAGATGCTGGTGTTCTAGGATGCAGTTTGATTCACTAGACCTGATCCCCTAGACTAGATGGTCTGGTCTTAAGGCGGTGCTCCCTTCACACCAATAAACGGTCGATCTGATGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTGTCCCATCTCATCAGAGAGAGAGAAGATCGTGAGAGAGCGAGAGATGCTTGAGATGGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCCTCGTCCCCTTCGTTGACCGCTGTTTGGAGTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGCTCCCATGACTTTCTTCCCAGATTTATGTTTGCTATTTTTTTTACTTTGTTGTAACTTATATAAGTGAACATTTTATTCAAAAAAAAAAAA 5 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR159 3e-46 zma-MIR159i 7e-47 -85.4 ........((((.(((((((((((.((((....(((((((..(((.((((((..(((((.((((.(((((....((((.(.((((((((.(((..((.........)).)))..(((((.....))))))))))))))..))))....))))).)))).)))))..))).)))..))))))))))....)))).))))))))))).))))....... (-85.4)