mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGAGTGAAGGGAGCTCTG GTGCTCCCTTCACACCAATAA TGGTCTTAAGGCGGTGCTCCCTTCACACCAATAAACGGTCGATCTGATGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTGTCCCATCTCATCAGAGAGAGAGAAGATCGTGAGAGAGCGAGAGATGCTTGAGATGGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCCTCGTCCCCTTCGTTGACCGCTGTTTGGAGTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGCTC CTGCATGCATGAGTCAGCACAGCATCGTCTTCCCATGCTACTCGCGTGAATATGAATCGATGCTTATCTCGCATCAATCAATCGACGCTCTTCCGTCTCTTCTATCAATCAACGTTCTCTAGTGAAAGAACCGGCCCTTGAGTGGTATATGTATTGCTGCGGCCTGCGACGAGTTGAGCAGCTAAGCTATGTTGCTATCTTTTGTTTTTATCTTCGGAGATCTTTTATTAGCGCTATGACAACTGGACAAGTGGTTGTTTGTTTGTGCTGCAGATGCTGGTGTTCTAGGATGCAGTTTGATTCACTAGACCTGATCCCCTAGACTAGATGGTCTGGTCTTAAGGCGGTGCTCCCTTCACACCAATAAACGGTCGATCTGATGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTGTCCCATCTCATCAGAGAGAGAGAAGATCGTGAGAGAGCGAGAGATGCTTGAGATGGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCCTCGTCCCCTTCGTTGACCGCTGTTTGGAGTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGCTCCCATGACTTTCTTCCCAGATTTATGTTTGCTATTTTTTTTACTTTGTTGTAACTTATATAAGTGAACATTTTATTCAAAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR159 2e-47 zma-MIR159i 5e-48 -85.4 ..........((((.(((((((((((.((((....(((((((..(((.((((((..(((((.((((.(((((....((((.(.((((((((.(((..((.........)).)))..(((((.....))))))))))))))..))))....))))).)))).)))))..))).)))..))))))))))....)))).))))))))))).))))......... (-85.4)