mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC ACTAAGAAAGGCGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTCTGGTGCAGCAATGGCCGCTGCTCACCTCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAGCCCGCCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTGTCTTTGCATTG CTGGTACTCGAGCTTCACAAGCCTCGATGGCATGCTACGGGATGAATGAAGCCATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGCATGACTAAGAAAGGCGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGTTGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTCTGGTGCAGCAATGGCCGCTGCTCACCTCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAGCCCGCCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTGTCTTTGCATTGCAGACATGGATATGCATGCTATTGCCTCCCAAGCGCCGGGAAACTTTAATCTGGATAATTGGATCCATGCATAAATGAACCAGTATGTATATATATACATGTGTATCACGTTTCAGGACAAGCCTGATGTACAATTTTGCTCTATCTTTTTACTGTTTCAATAACTTTTACAGATTGTCCGCTTCAATCAAACAAATAATTCTACAACACGTTTTACAAACAAAAAAAAAAACA 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR159 1e-107 zma-MIR159c 6e-112 -91.1 ......(((((((...((.((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((((.((.((.((((.(((((...(((.....)))(((((.......))))).(((((.(((....))).)))))..))))).)))).)).)))))).))))....))))))))).)).)))))))))))))))))).))..)))))))...... (-91.1)