mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTCGGAATAGCTG GCTATGCCTCATCTAGTCAAT CAAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAGCACAGCGGATCGAACATTTTATCGTCCGAAAAAATGTGATTATTTTTGAAAAGCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG 3 1 5' arm Drosophila_melanogaster mirbase mir-31 3e-54 dme-mir-31b 5e-68 -36.6 (((((((((...(((((.(((((..((.(((((((.........((((.(((........))))))).(((((((....)))))))......))))))).)).))))).)))))...))))).)))) (-36.60)