mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCCG GGGGCGGACTGGGAACACATG GGGGGCGGACTGGGAACACATGGGAATGAGATGAGATCATTGCTCGGTCGTGCTGGCCTGGGCCGTCGGCGCGCGTTGATCTTGCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGGAGGGCCTTCCTTGCTGCTGTGTTCCGCTA GGGGGCGGACTGGGAACACATGGGAATGAGATGAGATCATTGCTCGGTCGTGCTGGCCTGGGCCGTCGGCGCGCGTTGATCTTGCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGGAGGGCCTTCCTTGCTGCTGTGTTCCGCTAGACCTGGAGTATCTCGACGACGGTGGCAGGCACACGCAGTGACGGCACCACTACGTCTGTTCCGCCACGAGAGCCTATGTAACGGTATGTTTATTTTGCTGCTGCAGCACTCTTCGTCCTAGCTCATGTCAACTGCCCCGACAATAAGAAACCAGTGCAGGCATGTCTATAAGGAAAAAGATCTACGTGGTACGGTCTGGGCACTGATGATTAGTTGCTCTTGTTCAGGCCAACCGATAACCAAGTGAATGAACATGTAAGAGTACTACTCCATAGATTACTCTGCTCCGTTTTTTTATTACTCGCTCCGTTTTTTTTATTTGCTACGTTTTAGTTTACAAATAAATTAATATGCGATAAATATTCGAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR398 1e-60 zma-MIR398b 1e-56 -58.7 ((((((((.(((((((((((((.........((((((((.(((...((((...((((....)))).))))..))).))))))))))))))))))))).)))))))).(((((...)))))...((........)).. (-58.7)