mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAGTCATCCTTGGCTAGA TAGCAAGGATGCTTGCCCA TGAAAATAAGAGCTGGTCAGTTTAGCAAGGATGCTTGCCCAAGCATATACCACAAAAGGGATCTTAGCTAGTTAAGTAGAAACCCACTTGTGTGTGTGTGTATGCATACATGCATTCACTTCCAAAACCCCAAAAATGGTTGATATAGGCAAGTCATCCTTGGCTAGAAAACTAGCTCTTCATCTCC TGAAAATAAGAGCTGGTCAGTTTAGCAAGGATGCTTGCCCAAGCATATACCACAAAAGGGATCTTAGCTAGTTAAGTAGAAACCCACTTGTGTGTGTGTGTATGCATACATGCATTCACTTCCAAAACCCCAAAAATGGTTGATATAGGCAAGTCATCCTTGGCTAGAAAACTAGCTCTTCATCTCCATACAAGACCTCTCTTCCCCTCAGTTGATGCTTAGATGGGATGCTGCCGTTGGTGCATTTAGTACCATCTATTTATAGCCACTGAGAAGTTATGAGAAGGTTAGATTCTCATTTGTTGCTGAAATTGTTTTTACCAATCCCTTTCCCAAGCAATTCTATCTTTATTTGTTAGTTATCTCTTATGAACATTAATTCCATTATTGACCTACACCATAGTAGAATATATTCTTGGGTTACAAGTGACCACCATATGCGTCGATTTTCATTTTGCTTGGCGTTGTTTTCATGTTACGAACGAGAATGATATATATTGCATTTGACTTTTTCCAGTCTCCCAGTGCATGAAAACGATGTTCATACTAGAAAGACATTATCTTATTATTTACTATTTGTGATCTTGAATTTTATTTGGGTTTGTCCATGGCCTTGTTTCCCAAGTTGACCACTTTATTCCAATTCTTAAATCCCCAAAAGGCCCATTTTGCCAGCCCCAAAAAAAGTGGCAATGGCCTCCAGGGCTTATGAACCCTCAACTTTGAAAGGCCATTCCTGTTGAAATTGTAAAAAAATTAATAAAACTCACTCCATTCACATTTTTCACTGGAACTCTTTTTTTAGTCTTTTACACAACCTCTTTATAAGGGACGCGGAAAAAACACTTTCACACTTTATTTCCAAACCCCCCCTTATAAAA 0 2 3' arm Citrus_aurantium mirnest MIR169_5 0.000003 sbi-MIR169n 0.0000006 -57.8 .......((((((((((...(((((((((((((((((((...(((((((((((((..(((.(((..(((.....))))))..)))..))))).)))))))).((((....)))).(((...(((............))).)))....)))))).))))))).))))))..))))))))))....... (-57.8)