mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAA AATGGCCCTCCCTGCCATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCATGCATGCAGCAGGCTGTGCTGTGGACCTGATCGAGTTTCAATTGATCCAAGCAAGCAAGAGGGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAATTGCAGAGAGAGACCA GTCCCCCAGATTTGCTAGGACACCACCGTACCCACACCCCGGATCAGTTAATATCGTAGACATAATGGCCCTCCCTGCCATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCATGCATGCAGCAGGCTGTGCTGTGGACCTGATCGAGTTTCAATTGATCCAAGCAAGCAAGAGGGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAATTGCAGAGAGAGACCAGTCGTTGATCGGTCGGAGATCTCCCCGAATCGATCTCGATCGGCCGGAATTTTGGGGGCCGGCCGGGAGGTGGATGATGGGGGGTGATTACCATCTAGGCGGCGCCGTGTTGGATGATGTACCAACATATCACTATAGGCTACTTTGGGAACCTCAGATCCCCTTCGGGATTGGAGGAAATTGAGATGGAAATGAACTAATTTCTTCTCTAACCCCCTTCAATCACGAAGGGGATTCGAGTTTCCAAACTAGCCCTATATATATCAGAGCTAGGGAGGGATATTGCTGCAACATGCATCACGAGGTACAGATATATAATTAGGGTTCTGCTGCAATGTTTTGACTATAGATCGTTAGTGATCTGCTGTAATTAATAATAATGGNGATCTCGAAGCAATTCTAAACATCATAGTAGCAGGCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR396 0.00000000004 zma-MIR396g 4e-60 -59.2 ..(((..(((.((((.((.((((((((((((.(((((((((.((.(((.(((((((.....)))).((((..((((.((...)).)))).)))).))).))).))..))))))))).)))))))))))).)).)))).)))...))) (-59.2)