mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATC CAGTAATCAGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTCAGAGGAGCGGCAGCTTCAACTCCTCCACCCGCATCAGCAGGTGCATGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAGCACCAGCA CCCACCCACCCAACTCGCCGTTACTGAGTGCCAAAGACGATGGCAGCAGGCAGCAAGCAGTGTTCCTTCTCCTTCTTCCTCCTTCCTTCCTCCTCCTCCTCCAGTAATCAGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTCAGAGGAGCGGCAGCTTCAACTCCTCCACCCGCATCAGCAGGTGCATGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAGCACCAGCAGAGCAGCAAAGCATCATGGCCGGTGCCGTCAACTTGGTCATCCTGTGCAGATGCGTGCTGCCTAGACAAGTATAAATCCTCCACATGCATGCAGCACCGATCAAGATGTGTTCTTTTCTCTGTCGATTCTCCAGCAGCTGGTGATAACTGATAAGCTAAGGTTCAGTTTCATACTTTCCTGTACACTCTCTCCTACTTCTCCTGAACGCTTTGACAGTTCTGCCTTTGTTAACTTAAAGTTGTTTAGTTCATTCGTCCTTTTTTAGTATTTTTATAATGAGTTTCTTTTTCTTTCAAGAAGCTTTACATCGTTAGTTTATGTCCATCCCCAATAGTAACTCTGAGAAGTTTTTTTCCTTTATGTTG 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR396 5e-26 zma-MIR396b 3e-73 -60 ...........((((((((((((((...((((((((((((.(((((((((((......((((((............))))))((((.((....)).)))).))))))))))).))))))))))))...)))))))).))))))((....)). (-60)