mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCAGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATGCC CCGACGAGACATGGCCCTCCTTGCCGTCTCCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGCCGCCGGCTGGTGGATGCTGCGCGCTGAAATTCCGGTCGATCCCAAGAGGCGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCACCAGCCGAT TAATTCCATGTGTACGCTGGTGATGAGCCGACGAGACATGGCCCTCCTTGCCGTCTCCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGCCGCCGGCTGGTGGATGCTGCGCGCTGAAATTCCGGTCGATCCCAAGAGGCGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCACCAGCCGATCCGATCGATCGGATCGGATCGCGGCCCCAGATCTCGACCACCGCCGGAACTGGGCGGGGGCGAAGCAGATGATGCGGCGATTAATTAACCGGCGTAGCAGCGGCTGGGGATCTACCTGCATCACGTCGATCCACCCGCGGTAGATCGATGGGACCGTCACAACAAGGACAAGGTACGGATTAGGTTTCTTGTACTGGTAGGAATGGATGGTGGTTATGAATGCATGTGTTGAATTCCGTACACGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGTGATGGTGCGTAGGGCTGGTTAATTTCGTCGTCTCAGCTTCTTTCCCGTGCAATTTAATCTCAACCTATGTATATACTACAAGAAAAGGGTTGTTGTTAATTACCAGTGTCTGAAATTGGGTTTTTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 2 3' arm Zea_mays mirnest MIR396 1e-54 zma-MIR396a 1e-66 -65.6 ...........((((((((.((((.((.((((((((((((.(((((((((..(((..(((((((.....((.....)).......))))))).........)))))))))))).)))))))))))).)).)))).))).)))))......... (-65.6)