mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTACTCCCTCCGTCCCAAA TGAGGACGGAAGGAGTATTTTT GTAGTTTGACTGGTGAGGACGGAAGGAGTATTTTTGAAGGGATTTAGTAGACTCCCTAATGCATGGAAATCTATGCTAGTAGCAATCTTTAAGGCTAATCATTCCAATGGAGAGTCTATTTGGTTGGACTTCAACTCCGAGAGATCAGCTCTAGAACAAGTGAGCTACCGTGGAATAGCTCTATGGTGGAGGGGAGCTCTTGGGCTATCTCCAGCGGTCTTATTCATCTTGTCTCATATTTCAAATTTTACTCTATGAATAGTGCAATCTATAGTGTAAAACAGTTCAAAACAGCGTTTTGTATATCCATAAGCACGATCTACAGGCGATAGCATTATGGTAGAGCTCCAACCCAAGGGTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAGTTGT ATCGTTAAGATTTAAGACATTAAATTAGTATCATTAGATATTACCATAGAATATAATTTCGTAATATAATCATTTTACATCATATATGTTGTACTAGTTTATATAAAGTTAATCAAAGTTAAAGGTTGTTTGACTTGTTCGTATGTTGTTACTTTTTTATATAAAGTTTAGTCAAACTTAAAGGTAGTTTGACTGGTGAGGACGGAAGGAGTATTTTTGAAGGGATTTAGTAGACTCCCTAATGCATGGAAATCTATGCTAGTAGCAATCTTTAAGGCTAATCATTCCAATGGAGAGTCTATTTGGTTGGACTTCAACTCCGAGAGATCAGCTCTAGAACAAGTGAGCTACCGTGGAATAGCTCTATGGTGGAGGGGAGCTCTTGGGCTATCTCCAGCGGTCTTATTCATCTTGTCTCATATTTCAAATTTTACTCTATGAATAGTGCAATCTATAGTGTAAAACAGTTCAAAACAGCGTTTTGTATATCCATAAGCACGATCTACAGGCGATAGCATTATGGTAGAGCTCCAACCCAAGGGTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAGTTGTTTCTAGCCCTCATTTTTCCATCCACATTTGAATGGATGGTAGTGAATGTAGACATACATAGAACCTAC 3 1 3' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.00002 100 -101.2 .......(((((.((.(((((((.((((((((((((...(((...(((((((((((.(((((((((....))))))...((((..........))))...))).....)).))))))))).((((((...))))))..((....)).(((((((((.(((...((.((((((((.....))))))))(((((..((((....)))).))))).))...))).)))...(((..........))).((((((.(((((.((......)).))))).))))))..((.((((((...)))))).))..((((((((...(((.......))).)).)))))))))))))))....)))))))))))).))))))))).....))))).. (-101.2)