mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAATTA GTTTGGGACAGGCGGAGTACT TATATCTGCCTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAAGTCGTTTTAGGTGCATAGAAAGCTATGCACCTAGAAAAGACAAAACCACTTATAGTTTGGGACAGGCGGAGTACTTCTCAAA GGGGCATGCAATTTCANTGAGTAGCAATGCAACAGGTGTTGCGTTTTTTTAATGTTTACGGTTTGTGGAGCAACTGGGGTGCATTTGGTTGTGACCAAGAGAGATACTGCACATACTCTTCCATTTGGGGTTCGCTCACATGTCTGCTGCTATGTTTAGCTTTGGTGGCACATATTATAAATAGAGCTGTGCTAATTTTCTGCTTGTACCACTGGGGTTGGGGTGAAAGCAAGTTCGAGTTTTTTAGGGCAATCGGTTGCTCTTTATGCCCAGTTTTGTTAGTTGGGCAATATGTCAACTAGGAAAATTCAGAGACAGAATAATGGTCCAAATTGTGAATTATATCTGCCTACTCCCTCCGTCCCAAATTATAAGTCGTTTTAGGTGCATAGAAAGCTATGCACCTAGAAAAGACAAAACCACTTATAGTTTGGGACAGGCGGAGTACTTCTCAAATGAGATGATTAATTCCATCATCCTGCAGAATACTGTCAATCCTGTTGTTTATCCTTGTGTATGCTTGTTAGTCAAACCATATTTCAGTAACTAATTCCTTGATTGTGAGTTACTGCTGATCTCATCATGGAATGGGTTTTCATGTAGTTCAGATGTGTTTTTTTACTCAACTATTTCTCTATTAGTTTCTAGGTTACTTACGTGGATGCTATTTATCTGTCTGGACTTTGGATAGTGCAATGTTGGCCCAAAAA 2 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.0000001 100 -46.9 ..........((((((.((.((((((((((((((((.(((((((((((((((....))))))))))).........)))).)))))))))))))))).)).))))))......... (-46.9)