mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTGGCGCGCCTCAATCCGA GGATTGAGCCGCGTCAATATC ACGGCATGCTTCGGCTAGCTCGTTGGTGCTAGGACAAGGGCGGAGGTATTGGCGCGCCTCAATCCGAAGGCGTGGCTGATAGATTGGCGCGGCAGCCATGTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCCCTTGCCTGTCCCGTACCTAGCTAGCTTGCTTGCCTCACT ACCAGGGTTAGGTATCCATCCACACAGCAATGCATCTGCCTTCAACTCCCTCTCGCCCCCCACCCCAACACACATCTCTCTCTTTTCTAGGGAAGGAAATGACGAAGGGGACGACGACGGCATGCTTCGGCTAGCTCGTTGGTGCTAGGACAAGGGCGGAGGTATTGGCGCGCCTCAATCCGAAGGCGTGGCTGATAGATTGGCGCGGCAGCCATGTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCCCTTGCCTGTCCCGTACCTAGCTAGCTTGCTTGCCTCACTGATCGATGTCGTCCCTATTTCATGGAGAAGCTGATGATTGATTATTCTCACAAGCAAGAACTGTCTGATCTGTTGCCTGCATCGATCAGGATCTATATGCTGGAGAGTTCACAAGAACATGGACAGAACTCGCTTCAACAACCGATCAATCGAT 1 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR171_1 7e-53 zma-MIR171m 5e-41 -88.8 ..((((.((...((((((((....(((((..(((((((((.(((((((((((((((.((((((((((.((((((((((..............)))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))...))))).))))).)))))))).)).))))..... (-88.8)