mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGCGTCAATATCTCC AGGTATTGGCGCGCCTCAATC CGGCATGCTTCGGCTAGCTCGTTGGTGCTAGGACAAGGGCGGAGGTATTGGCGCGCCTCAATCCGAAGGCGTGGCTGATAGATTGGCGCGGCAGCCATGTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCCCTTGCCTGTCCCGTACCTAGCTAGCTTGCTTGCCTCAC ACCAGGGTTAGGTATCCATCCACACAGCAATGCATCTGCCTTCAACTCCCTCTCGCCCCCCACCCCAACACACATCTCTCTCTTTTCTAGGGAAGGAAATGACGAAGGGGACGACGACGGCATGCTTCGGCTAGCTCGTTGGTGCTAGGACAAGGGCGGAGGTATTGGCGCGCCTCAATCCGAAGGCGTGGCTGATAGATTGGCGCGGCAGCCATGTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCCCCTTGCCTGTCCCGTACCTAGCTAGCTTGCTTGCCTCACTGATCGATGTCGTCCCTATTTCATGGAGAAGCTGATGATTGATTATTCTCACAAGCAAGAACTGTCTGATCTGTTGCCTGCATCGATCAGGATCTATATGCTGGAGAGTTCACAAGAACATGGACAGAACTCGCTTCAACAACCGATCAATCGAT 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR171_1 7e-53 zma-MIR171m 5e-41 -88.8 .((((.((...((((((((....(((((..(((((((((.(((((((((((((((.((((((((((.((((((((((..............)))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))...))))).))))).)))))))).)).)))).... (-88.8)