mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCCACTACCTTGCAGTCACGTG TGTGATGTGACGTAGTGGAACA AAAGATTTTGGGAATCGGCCACTACCTTGCAGTCACGTGATGAAAAGACACAGGTGACACTGATCCGGATTTGGTAGTTGACAAATCCTCCATGCCGAGATTAGTTTCATTTTGCGTCTTTTGAATTCGAATAGTTCATGTGATGTGACGTAGTGGAACATACCTGAAATTACA 5 1 5' arm Drosophila_melanogaster mirbase 100 dme-mir-989 7e-96 -62.4 ...(((((..((.((...(((((((.(..((.(((((((((.(((((((.(((((((.((((((((((...(((..(((....)))...)))..))).))))))).))).)))).))))))).)...........))))))))))..).)))))))...)).))..)))))... (-62.40)