mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCATATTGGGACGGAGGGAGT TCTCTCCGTCCCAATATATAG CTATAGATAATGTTTTACTCTCTCCGTCCCAATATATAGCAACCTAGGATGGGACCCATCCTAGGACTTTGAATCTGGACCCATCCTAGGACTTCGAAGTCCTAGGATGGTCTAATGGTCTAATCCCATCCTAGGTTGTTGCATATTGGGACGGAGGGAGTAGTAAATTAGTTCTG TTTAAAGTAAAAAAAGTTGGCTTCCATGGTTCTCATAGCCAGCTGGCCAGAAACTAAAATCATCTTCCTTGTTCTTCTCGCTCCCTATTAGTGAGAAAACGTGTCGCATCGGCCCCCAATAACGATTTTTTTTTCTGTTTAGTATTTTAGGACGGTTCCACTTTTTATTATTGAGTCAACTTTTACATAATTAGGAATCTTAAAAACAGAATTTTGGGATGAATTTCGGGCATCTTGGCAATTCTCTAAGTAGTATTTATACTGTTAATCACCACATATTTTTTTATAAAAAAATTATCTTACTTGCAACCACCCTCACACTCCGTTACAACTACCTCTTTTATAAATGAATGGGAATGCACATTTGGGGCATTCCAAAGTGTCACTGTTTTAGTGCGGTACTCCTTCAAACGATGTCAGCCTTTGAATTACATGTAAGGTAACACTTGCTATAGATAATGTTTTACTCTCTCCGTCCCAATATATAGCAACCTAGGATGGGACCCATCCTAGGACTTTGAATCTGGACCCATCCTAGGACTTCGAAGTCCTAGGATGGTCTAATGGTCTAATCCCATCCTAGGTTGTTGCATATTGGGACGGAGGGAGTAGTAAATTAGTTCTGATGATCTCAGTAGTTCTCCCAGTTCGTAATTTCTTATTGCATTATTCATTTAGCATGAAAGTAATGAAAATCAGCAGCGTGATAGTGCAGCTCACTTAAAGGGAAATCGAACAAGAT 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR1122 3e-83 ssp-MIR1128 0.0005 -93 ...((((((((...(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((....)))..))).)))))))))))))))))).............)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))...))))..)))) (-93)