mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGAATTCTCGTGGGTCTGCA CTGACAACACTGACCGCTCCAGGGCAAATTGTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATG CCTCGTGTCAAATTCATTTTGGAACTGAATTCTCGTGGGTCTGCACTGACAACACTGACCGCTCCAGGGCAAATTGTTCATTTTGAAATTGAAATTCTGTAGCACCATGAGATTCAGCTCTGGCGTGAATTTCAAACATGCAT 5 55 5' arm Drosophila_melanogaster mirbase 100 dme-mir-998 2e-77 -43.44 ...(((((.((((((((.(..((.((((((.((((((((((......)))..........(((.(((((.......(((.....))).......))))).))).))))))))))))).))..).))))))))...)))))... (-43.44)