mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGATGGAGTAGA TACTCTCTCTGTCCCAAAATA GATTTTACATAATACTCTCTCTGTCCCAAAATATAATTTGTTTTAGACTACAGATACATTCATTAATCAACATATGAATGTAGTTGGTATGTAACTATGTATGTCTACATTCATTATTATTCATTCGAATGTGAACAGAAAAAAAGAGGGCTAGAAAGAACTATATTTTGGGACAGATGGAGTAGATTACTATAC CATTCAGCTAGCGAGCGAGAGAGAGGGGAACAAAAAGGAGGGGCGAGGAGGACAGGGAGCCGAGCGCAAGAGCTGAGGCTTCGCCGCGAAACCCCAGACCTCGCGCCGCCCCTTCCCCTCCGCGGCGTCGTCCTCGCACGCTCTCCGATCCAAGATGTATAAGCTGGGGAGAGGAAACCGCGACAAGGTGCAGCAGTTCATGACCATTACCGGCGCCAGTGAGAAGGTTGCCCTTCAGGCACTGAAAGCTAGTGATTGGCACTTGGAAGGAGCTTTTGACTTCTTCTATAGCCAACCTCAGGTTTCTGTGGTCAATACTCGGCATCTTGAAGATATTTTCAACAGATATAAAGAACCTGATGCTGATATGATAATGGTGGAAGGAATATCTCAATTTTGCAATGATCTGCAGGTAAGGAGCATTTATTTTCATCTGTAAATATCCGTTCACCATCTTCGCACTTCATTTCCAGCCATAGGCATATGGAGCGCATAATCCATTTTATTGAAAATAGAAGGTACCATTTTAATGGTTAATTGCTACCACAAATGTGTTTAGATTTTACATAATACTCTCTCTGTCCCAAAATATAATTTGTTTTAGACTACAGATACATTCATTAATCAACATATGAATGTAGTTGGTATGTAACTATGTATGTCTACATTCATTATTATTCATTCGAATGTGAACAGAAAAAAAGAGGGCTAGAAAGAACTATATTTTGGGACAGATGGAGTAGATTACTATACTATGAAGCTA 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR1122 0.00005 100 -52.5 ............((((((.((((((((((((((((.(((.((((((.((.....(((((((............((((((((((...((((((....))))))..))))))))))............))))))).............))..)))))).))).)))))))))))))))).))))))........... (-52.5)