mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGGGCCTTTCTAGAGCAC GCTGTAGAAAGTCCCTTCACC GCTTATGCATATTCTTTCATGTGCTGTAGAAAGTCCCTTCACCCTCGGAAACGTCACCATGGACTGGAACTGGGAGCGAAGAAAGCGAGATCTGATGGTTGGCATTGAAGGTGGCAAGCTGCAGAAGAAAGATGACGTTTTCAAAGTTGAAGGGCCTTTCTAGAGCACTGGAATCCATTCATAATTA AGTAATTTCAGTTTTGAATTACGTTTCAATAATTGTTTTGAAGCAAAATAATTTTGAAATGTTAAAATCTTGTAATTGTATTCAATTTTGTGTGTGTGTACATTCAAAGGTGAAGACGGTAGGGACGAAGAAAGAGGATGCCAACGGTTTGGATTCAAGGTGACGAGTTCCTTATGAGTTATGATGAGAAAGCTGAATAAAGAGACAAGATCTCCAGGAAATTCACTACTGGATGAAACGAGGGTTCTAACTCGAGGAAAGAGGATCTGATGCGGACGGTTTGGATTCAAGGTGACGAGTTCCTTATGATGAGCAAGCTGAAGAAAGAGGCAAGATCTCGAGGAAATTCAGCAATGGATGAAGCGAGGGTTCTAACTCTCACTTTCAAAAAAGCTTATGCATATTCTTTCATGTGCTGTAGAAAGTCCCTTCACCCTCGGAAACGTCACCATGGACTGGAACTGGGAGCGAAGAAAGCGAGATCTGATGGTTGGCATTGAAGGTGGCAAGCTGCAGAAGAAAGATGACGTTTTCAAAGTTGAAGGGCCTTTCTAGAGCACTGGAATCCATTCATAATTAAGCTTGAAATCCCAAAACCCAAGGCTTTTTGTGCATATTTGCATAGACTTTTGCGTAAGATTAGCTTTATTTTCCCTTTTATACTTGAATCAATATAAACTTTTCAATGTTACAGCTTAACTTTTGGTGCAGCATATGTAAATCTGGTATGGGCTGCCAATCCAGGCTTTCTGCCAAAATGGGTGTGATTTTTTTTTTTTAATCATCTATTAAGGGAAAAGGTGAAAAACAGGGTATGCTTTGGAGGTTGTTTTAAACTGGCCCTTGGGCCCAACCCGAAAGGGTTCCTTTTTCCAAACCCCCCCATTTTTTAACCCCAAAAACCCCCATTTTTTGGCTAAGGGGGCCCCCATTTTTTTTGGGGGCATTTAT 2 0 3' arm Citrus_reticulata mirnest 100 csi-MIR3952 1e-57 -49 ..(((((.(((((((.....(((((.(((((((.(((((((.....(((((((((((((.....)))..((....((.......)).)).((((.(((((.((..........)).))))))))).......)))))))))).....))))))).))))))).))))).)))))..)).)))))... (-49)