mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TTACTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCAGAAACATACAGATCTCATCGGTCTAGGTTCTTGTCGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAGTGG AGCTCTAGCCTCTGGCGTTTGGCAGCCGAGTCATGTGGGGGAAAGAACAGGAGGAAGGCCGGATCCGGAATCTCATGCAGCAGATCGGGGAAGAAAGGAGGAAGCTTTCTTACTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCAGAAACATACAGATCTCATCGGTCTAGGTTCTTGTCGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAGTGGAGCTCCCGGGCTGTTCCGCGCTCGTAAATGCAACCAAATAAAGGAGGTAGCAGTATATACTTCTATTTTRATATACTTGTTGGCAGGGACAGCCACCAGCTGGTTTCCTACTTTTAAAGGGACAGGTAATGCGCTGCAGCCCCCCTATATGGGTCACTAATGTCACAAGTTTACTGTTGAAGATTATGTCCGTGCATGCAGTAAGTACAAGCAAGGTCAGCCCATACATATGCATAGCAG 3 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-166 1e-46 zma-MIR166e 3e-44 -46.4 .(((((.((((((((((..((((((.(((((((((((.(((....(((((.....)))))..))).))))..))))))).))))))..))))))))))))))). (-46.4)