mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCATGGCTCAATCAAC CTGGTTGTTGGCTGAGAGAGTGCGATGTTGGCATGGCTCAATCAACTCGCCGGCCGCGGGTGGCTTAGCTTATTAATTCTGCGTTTTTGATCGAGGTGCGGGCGCAGTGTTTAATTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAACCTTCTCTAGCCTATATA AGCACAGCAGCTCAAGTTCTCCGTCTCCCTCCAGTTTAGGGTTGCGTGGCTGGGAGCTCGGGTAGTCGTCGTCCATGGCGATCGATCGAGAAGGGGTGGTGGCGTCTGGTTGTTGGCTGAGAGAGTGCGATGTTGGCATGGCTCAATCAACTCGCCGGCCGCGGGTGGCTTAGCTTATTAATTCTGCGTTTTTGATCGAGGTGCGGGCGCAGTGTTTAATTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAACCTTCTCTAGCCTATATATGTGGAGTGGACTACAGGTACGGGGGTTTTGTGTTCTTTGTCGTCCTGCTATGCGCCGTGAAATTTAATTAAGATTCGGTTTTCCATCTATATATCGTGTATATACCATGGATGTGTGTACTGTTTGTGGCATTATTATCAGGTCATGTTTACAAGTATAGTAGGTGGCACTGGCAGCAGTTGACCTATAGTCCTGCGATTGTGATGGGATCAGAGGAGATTAAATCACCTTCGATCCCTCTCAAACCACTTATAACCGAACGTGGCCTAAAAAAACTTCCTCAAGATCGAAGCTCCAGCAGAGGGGATAATTCAAAAGAGTTGACACCAGCAGGAGGGGTGGATCGGAACCGCGCA 0 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR171_1 2e-71 zma-MIR171f 1e-63 -64.5 .....(((.(((((((((.((..(((((((((((((((((((((((((((.....))))))(((...))).(((((..((((((((.((.......)).))))))))...))))))))))))))))))))))))))...)).))))).)))).))).. (-64.5)