mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTCGGAATAGCTG GCTATGCCTCATCTAGTCAAT CAAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAGCACAAATATCATAGAATCCAGAATTTATATTTTGTGTATTTTATTGAGTACAGCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTCATTTG 3 1 5' arm Drosophila_mojavensis mirbase mir-31 9e-64 dvi-mir-31b 2e-49 -33.7 (((((((((...(((((.(((((..((.(((((((......................((((((....)))))).((((((....))))))..))))))).)).))))).)))))...)))).))))) (-33.70)