mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGGGCCTTTCTAGAGCAC GCTGTAGAGTGTCCCTTCACC ACTTATGCATATTCTTTCCTGTGCTGTAGAGTGTCCCTTCACCCTCGGAAACGTCACCATGGACTGGAACTGGGAGCGAAGAAAGTGAGATCTGATGGTTGGCGTTGAACGTGGCCAGCTGCATAACAGAGATGGTGTTTTCATAGTTGAAGGGCCTTTCTAGAGCACTGGAATCCATTCGTAATTA ACAATCTACACTTCGGTTGCCCCTTTTGACGGCATAAGCTAGATCTGCACCGATGCGGACGGTTGGGATTCCAGGCTTATGATAAGCCAGCTGATGAAAGCTGAAGAAAGAGAAAAGATCTCTAGGAGATTCACTACTGGATGAAGCGAGGGTTCTATATTACTGTCTCTTTTTTAAGAAAAACTTATGCATATTCTTTCCTGTGCTGTAGAGTGTCCCTTCACCCTCGGAAACGTCACCATGGACTGGAACTGGGAGCGAAGAAAGTGAGATCTGATGGTTGGCGTTGAACGTGGCCAGCTGCATAACAGAGATGGTGTTTTCATAGTTGAAGGGCCTTTCTAGAGCACTGGAATCCATTCGTAATTAAGCTTGAAATCCCGAAACACAAGGCTTTTTGTGCATATTTACTTAGACTTTGCAGATACGATTAGGTGTAATTTCCCTTTTATACTTCAATCAGTATAACATTTCAATGTTACTGCATGTATAGAGACATTTACGTTGCAGATCCTGCTTTCGGCAAGACGGGGATGAATTGTTTGTTAAATCCATTTATTAAGAAAATTTCCCAAATGGCAACAACTAGAAAGGGTGAAGACAGGGACGGTCCAGGCTGGTGTATCTGCGCCTGGGCGCACCGAGAGGTTATTTTTAAATAACCTTTTTGGGGGGGGACTTTGTTACCCAGGTGGGCCGGTACTATTTTGGCGGTTTGGGGTTGTTTTTGGAATAAATGGCTGAATTTGAACAAGCTCACCAAAGTTTTTGGGGGGGATAACCTCAAATTTAATTTTCCTGGGGGGCCCTTTTTAAAGAAACCGGAAAGGGAAAATAGGCCTTCCCCGTTTTTTTTCAAAA 4 0 3' arm Citrus_reticulata mirnest 100 csi-MIR3952 3e-36 -47 ..(((((.((.....((((.(((((.(((((...(((((((..((..((((...((((((...((...(((............))).)).((((.((((((((..........)))))))).....)))).)))))).))))..)).)))))))...))))).))))).))))...)).)))))... (-47)