mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGGGACGGAGGGAGTACTC ATACTCCCTCCGTCCCAGTAT ATTTTTGTGACATACTCCCTCCGTCCCAGTATATAAGGCATAACCACCTCTGGATCAAAGACCAAGAAATGCATTTAATTCTCTCTATATCACTGTATCGATGTATGTGTGCATAGAGAGAGCACGCCTTATATTGTGGGACAAGAACAAAAAGTGGTTACGCCTTATATTCTGGGACGGAGGGAGTACTCCCTCTGTA TTTTTAGTTCCCTGCCCTCTCTCCGGCCTCGTTTTCTTGCCTGTTTAGTTTCCTCTTGTGTTCTTTGCACATCTATAGTTCTATACAGTACTTTTGATTTTCTTTTAATAGGCATCCCCTGCTGTATTTATTCTAAAAAAGGTGCCAACAATCATTGACTGTTCCAGTCTGCTTTGCCTAATTTTTGTGACATACTCCCTCCGTCCCAGTATATAAGGCATAACCACCTCTGGATCAAAGACCAAGAAATGCATTTAATTCTCTCTATATCACTGTATCGATGTATGTGTGCATAGAGAGAGCACGCCTTATATTGTGGGACAAGAACAAAAAGTGGTTACGCCTTATATTCTGGGACGGAGGGAGTACTCCCTCTGTACTATAGAAAGTGTAACTCCTCAAACACCAAGACCAAGGAGATAATTTAA 4 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR806 0.000003 osa-MIR818d 0.000003 -70.3 ............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((((..............(((.((.(((.......((((((((((..((((((((....))))).))).)))))))))).......))).)).)))..............))))))).))))))))).)))))))))))))))))........... (-70.3)