mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTGCAAGGAGCCAAGCATG TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GTGTCGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATAACA ACTCTTCCACTGTTCTCCCCTACCTTAGCCGCTCACAAGACTTTAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCTCCTCTTCCTTCTCTTGGTGCGTGCTCATATCATGGCCAAGATTTGCTCATGCCTCTTTCCACTTCAAGCATGCATATGCGTCGTCTCTGCTGGCAGCCCGGCCGTTCTGACGCTAGCTGATCGATCTACTCCATCACCGAGCTGGCTCTTCTATGGATTATTCGTCCTCGTCCACCGTGGGACGCCATGATAGCAATATTAAGCTAGCAGGTTTGGTCGATCGATCGGCTCGTGTCGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATAACAGGCCATGATCACTTCCTCTCTATCCTCTGATCTGTTGAATATATCTGTATCGTGTTTTTTTTCCCGAGATGATGATGCACTTATTTCATGCTGTTACATGCATCTGTATGCTTGTCTTGGGTTCGAATTGCTTCTGCAGGGTTAGAATTTAGGACTGGTTTGGAGAAGGCAGGTGAGTTCCAATCCTCTTTCAAAGCTCCATCAATCGACATCACGAAATTGAGAGAGAGTTTACAGGTCGCCCATTTTTTATCCTAAAAACACATCTACTTTTCTTTTGCTTACATGAGAGCCTAGCCGCCTCTTGCCGCTGAATCTGTGTTGATTTGTTTGGTTTCCGTCGTATCCATAGGAAACCACCCGTTGTCTGCTAGATGTAGTCCATTTGATCACCGATCTGAGCTAAGCTAGTGGTTGTCCACCTTTTGTTTGTTTTGGTTTTTGTCTCTACGACCATTTGCGGCCACTGGAATCGGCA 2 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-160 5e-43 zma-MIR160b 5e-52 -47.6 .(((.((((((((.(((((((.((((((((((.(((((.((((.....))))...))........))).)))))))))).))))))).)))))))).))) (-47.6)