mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCAAGGAGCCAAGCATG CGTGTCGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATAACAG ACTCTTCCACTGTTCTCCCCTACCTTAGCCGCTCACAAGACTTTAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCTCCTCTTCCTTCTCTTGGTGCGTGCTCATATCATGGCCAAGATTTGCTCATGCCTCTTTCCACTTCAAGCATGCATATGCGTCGTCTCTGCTGGCAGCCCGGCCGTTCTGACGCTAGCTGATCGATCTACTCCATCACCGAGCTGGCTCTTCTATGGATTATTCGTCCTCGTCCACCGTGGGACGCCATGATAGCAATATTAAGCTAGCAGGTTTGGTCGATCGATCGGCTCGTGTCGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATAACAGGCCATGATCACTTCCTCTCTATCCTCTGATCTGTTGAATATATCTGTATCGTGTTTTTTTTCCCGAGATGATGATGCACTTATTTCATGCTGTTACATGCATCTGTATGCTTGTCTTGGGTTCGAATTGCTTCTGCAGGGTTAGAATTTAGGACTGGTTTGGAGAAGGCAGGTGAGTTCCAATCCTCTTTCAAAGCTCCATCAATCGACATCACGAAATTGAGAGAGAGTTTACAGGTCGCCCATTTTTTATCCTAAAAACACATCTACTTTTCTTTTGCTTACATGAGAGCCTAGCCGCCTCTTGCCGCTGAATCTGTGTTGATTTGTTTGGTTTCCGTCGTATCCATAGGAAACCACCCGTTGTCTGCTAGATGTAGTCCATTTGATCACCGATCTGAGCTAAGCTAGTGGTTGTCCACCTTTTGTTTGTTTTGGTTTTTGTCTCTACGACCATTTGCGGCCACTGGAATCGGCA 2 0 5' arm Zea_mays mirnest mir-160 6e-43 zma-MIR160b 4e-53 -48.4 ..(((.((((((((.(((((((.((((((((((.(((((.((((.....))))...))........))).)))))))))).))))))).)))))))).))). (-48.4)