mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTGCATGGTGCCAAGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA CTTAGGATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATCTAGAGCAACGACAGCTTGGTATGGTTGCCTATAAGATGGATGGCGTGCATGGTGCCAAGCATATCTCGC ACCCATCATCGCATCTATTCACTCATTCATACATGTCAGTTAGCTAGAACACTGGTGATATAGAAAACCATGCACATCTTTCTGCTTGGGTGTGCAAGATGCATTGGCAACAATGCTACGGATGGCACATGCATGACATGTTACGTGATGATGCTGTGAAGCTTATGATAGATGGATCACGATGTGCAAAGGTGATTTTGCGTAATAATATATGAAGGTTTGCATTGCTTAGGATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATCTAGAGCAACGACAGCTTGGTATGGTTGCCTATAAGATGGATGGCGTGCATGGTGCCAAGCATATCTCGCCATTTTTGTTGTAGCTCATTTTCAGACCCTTTCCCTCCTCTCGCTTGCTTATTTTCAAAGTTGGTTTAATTACGTTGTGTTTATCAGCATATTCGAAACTCATTTACGAATCCTCTCTCTCTCCTTTGGGCTTCTTTCCAATCGAGGTTAGTTTACTGGGGATTTGTGGCACATTTCGCAAG 3 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-160 0.000000000000002 zma-MIR160c 1e-49 -46.8 ....((((((((.((((.((.(((((((((.((((((((.(((((.((......))...)))))))...)))))).))))))))).)).)))).))))))))... (-46.8)