mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAGTTGCTGCCTCAAGCTT GCTGCTGACCCAACAACTGCCGA CACGTTCAGGCCAGAAAGCTGCTGACCCAACAACTGCCGATGGTGCTCTTTTAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTTCTGCCTCGCTTTG TTTTTTTTTTTTTACCTAGAAAACCAAGAGGACTTATAATTCAGAGTACAATTTACAATAGCATACATGGCAAGCTTATATGAAAAGCAAAATTAAAATCAACATTCTTCTTAATACATAAACAATCGCATCTAGCAGCTTAAAGTTTAGCTGTTAGGTCTTGCAATTCAACCAACGATATCCATTTCTTATCACTCGGTTTAGTTATCCTCACTGTATTTAAAGTCTTATGGCACTTTCAGTGTTCTTTATTAAATCATCTGGTTTACTGACTCTGAGTTATCCTGAAGTTTGGACAAAAATCTCACCCTACACTTGGTGTTTCTGATTTGTCCCTTTGCACACTTAGCTCAAGATTGATCGGAAGATTCTCTGTATTCCGAGTACTGTGTCTAACAGTAGTACTTGTTTGCTCATTATTTACTCCTTGTCCATACACCTTTCTCCGTAATTCAGTGTTATGTTGATGAAGAAGGTTAACTTTGTTGTATAGTTCCATGCTTTCCTGGTGCATGAGGCTTCCCTTCCTGTTTAATTCTTGAATCTGATAAAAAATAAGTTGGTCCTTTTTCAGACGAATATTTCTTAGGCTCGTCTCCAGCTTATTCTCTAAATTCTGCAAATCTCCCACGTTCAGGCCAGAAAGCTGCTGACCCAACAACTGCCGATGGTGCTCTTTTAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTTCTGCCTCGCTTTGCCTG 4 2 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 0.000000000000001 osa-MIR444a 0.00000000007 -26 .......((((.((((((((..(((..((.(((((((.......(((......)))...))))))).))..)))))))))))))))....... (-26)