mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTCCTGC AGCAAGCTCGAGACAACAACT TTGGGGGCAGCAAGCTCGAGACAACAACTGCATAGCATGCAAGAGCTTGTTGGTTGAGGGTCATACCGATGGTGCTCTTGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTCCTGCCTCCC ACGTGCCAACTGCCGGTCTGTGGAAGTTACCTCAGATGAACTCAATACACTGCCGACGCCACCTGATCTAGGGTTTAGCGGAGTGCCCTCGCGACGAAGCGAGGGCCCGATCCATCCAGATATGTATTTGGGGGCAGCAAGCTCGAGACAACAACTGCATAGCATGCAAGAGCTTGTTGGTTGAGGGTCATACCGATGGTGCTCTTGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTCCTGCCTCCCTTTGCCAAAGCTAGTAAGATGGGGAAAGCTTTCAATTAACATAAATGAGAGTGGCTGGACAACCAAATGGGTCAACTTTAGCATAGGGATTACAACTACAACGAAAAGAACAAAATCTTTTGCTTCAAAGGAAGCTGGGGTTTAGTAGAGTTGAAACCCAAGTACCCAACAAGAGCCAAATAATTGAAGAANATAAGAATGCAGCAAGCAGTCAGATCCTACAGGACATGTAGACA 4 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 2e-61 osa-MIR444a 2e-21 -65.5 ..((((((((.(((((.(((.((.((((((((((((.(((((((((.((((((((((...))).)))))))..))))))))).)))))))))))).)).))).))))).)))))))). (-65.5)