mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGTCGATTTCATTTCATG TAATTAGCAGGGTAC GGCCATGTCGTAATTAGCAGGGTACAGCGTTGCCGGCGATAATTAATGACGTTGGTCACGTTGGTTTCATGTCGATTTCATTTCATGACACGGCCG 3 8 3' arm Drosophila_pseudoobscura mirbase mir-288 1e-31 dpe-mir-288 3e-47 -36.41 ((((.(((((((((..((((((..((((((.(((((((.((.....)).))))))).))))))..))).)))..))).......)))))).)))). (-36.41)