mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC AGCAAGCTAGAGGCCGGCAACT GCATTTGGGCGGGGGCAGCAAGCTAGAGGCCGGCAACTGCATAACTTGCGATAAACTTGTTGGACCATGGTGTGCTGATGATTTTACCGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAA GAATGATTTTCGCCTCGGCTGTGTTAACAGAACTCTGACCAAGAATCGTCGACCACCGCGCACATCACCTGTTCGACGAAACGCTCCCTCGGACAGCAGATGTGTTCGACCGGTCGACAAGGGCGACGGGTCAGCCGCCAGCCGCCGCGAGGTTCGTGCTGATCCGAGAGCTGCACCCGCTGGGCACGGAGATGACACGGGCTCTGTCGACTGCCAACTGCCATGCCGCCATGGAGATGACACGGACGGACGAGTGGTCTGTGTGCCGACGGATCAACGTATGGTTTTGCATTTGGGCGGGGGCAGCAAGCTAGAGGCCGGCAACTGCATAACTTGCGATAAACTTGTTGGACCATGGTGTGCTGATGATTTTACCGCAAGTTATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAC 1 1 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 3e-70 osa-MIR444e 8e-21 -76.9 (((...(((.((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((((..((...))..))))))).)))).)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))... (-76.9)