mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGGCTTTCTTGCAAGTTG ATTTGCAAGAAAGTCACAAGC GGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTATTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCACTCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTATTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAAAATCCTTTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTC TGGCTAGGGCGGGGAAGGAAATTGCGGGAGGATGCGAAGCCATTGTTGTATTGCATATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAGGAACTGCATTATTTGCAAGAAAGTCACAAGCTCATTCCACTCTGATTCTCTAAACTTTGGAGGTCTCTTACACCTAGGCCTGAAAGCTCCTCTCCCATTATTTGCCTACAACATTGGAAAAGAGTTTCTCACATTATCTTAAAATCCTTTGCAAGATCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGTTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAGAGCTATCGGTCCCTAAAAAGGAAAATCGTGATTTGGAAAGGAAATTCATCAACAAACCTGAGTCGGAAGGATGCTTAGGAAGCGGGCACTCCCTATGTTCCAGATTATAGTTCATTTAGATTTGAAGATTCAATCAATTATTTC 1 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR444 2e-115 ssp-MIR444b 2e-23 -78.4 ...((((.(((((.((((((((.((((((((.((((((((((((((((((((((...........((.(((((((...)))))))..)).........))).(((((((((...(((.((...(((....))).)).)))...)))))).))).((.(((((.(((...)))..))))).))..))))))))))))))))))).)))))))).)))))))).))))).)))).. (-78.4)