mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GAGAAAGATGTGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTTTGCTTTGTGATCCATGTGTGTAGAGCTTCTAAGTATTCCTTGGATCTGCAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAAAATGATATCGT GCAAAGAAATAGAGATGAGCTAGAGGGGGCCGGGGCCGGGAGAGCCAAGGGCCCGAGGGAGATGGAGAAAGATGTGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTTTGCTTTGTGATCCATGTGTGTAGAGCTTCTAAGTATTCCTTGGATCTGCAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGCAATAGCTTCAAAAATGATATCGTGGAGAGTTAGGAGAGCTACTAGCTAGTGTATAAATTTGTTCTAGTTTTTTTTATTTTGAAATATTTGTT 3 0 5' arm Zea_mays mirnest mir-166 7e-56 zma-MIR166d 9e-52 -58.2 ((........((((((((((.((...((((.((((((..(((((((((.((((((..(((.....((((((.((((.((((...)))).))))....)))))).))))))))).)))))))))..)))))).)))))))))))))))).........)).. (-58.2)