mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGTTCAAGG AGAAAGATGTGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTTTGCTTTGTGATCCATCTGTGTAGAGCTTCTAAGTATTCCTTGGATCTGCAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAAATAGCTTCAAAAATGATATCG AAAGAAATAGAGATGAGCTAGAGGGGGCCGGGGCCGGGAGAGCCAAGGGCCCGAGGGAGATGGAGAAAGATGTGAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTTTGCTTTGTGATCCATCTGTGTAGAGCTTCTAAGTATTCCTTGGATCTGCAAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAAATAGCTTCAAAAATGATATCGCGGAGAGTTAGGAGAGCTACTCGCCAGTGTATAAATTTGTTCTAGTTTTTTTTTTGAAATATTTGTTTGAGTGTTCGTGAGATTCCTGGCCGTTCTTAGTAGTNTGCTTGGTNTGGAGCACCGTACTTCCGCTCCTGGATCTTTACTACTACTTCCA 3 0 3' arm Zea_mays mirnest mir-166 7e-59 zma-MIR166d 4e-54 -59.2 .........((((((((((....((((((.((((((..(((((((((.((((((..(((.....((((((......((((...)))).........)))))).))))))))).)))))))))..)))))).))))))))))))))))............ (-59.2)