mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCCACGGCGGATAGGAGCA ATCCTATGTGCTGTGGCTTATG CCTGCCAGAGAGGGCTTTTGGTTTATCCTATGTGCTGTGGCTTATGTACAATTCGAAAGTCATATGCCACGGCGGATAGGAGCAATCATTAGCCACAAAGCCAACTATCCGTGGGA 5 0 3' arm Drosophila_pseudoobscura mirbase 100 dps-mir-2543b-2 4e-59 -48.8 ((..(...((..(((((((((((..((((((.(((((((((.((((.((.........)))))).))))))))).)))))).........))))).))))))..))....)..)). (-48.80)