mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGCCCATCTTCTCCACCG GTGGAGAAGCAGGGCACGTGC CACTTGAGAGATGTGTGTGTGGTAGACGGTGGCTGTGCGTGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCAATGCCGCCGGGTGGGTGGGTGGAATGGATGGATGGTTCTTGATGTGCCCATCTTCTCCACCGAGCACGAACTGTCTTGGATCCGCGCGCGCGTGCCGTAC TGCGAAGCTGAGTGCAGACGTCCGATCCCCGATCCATGGCTCCTTTTCTGGCACTTGAGAGATGTGTGTGTGGTAGACGGTGGCTGTGCGTGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCAATGCCGCCGGGTGGGTGGGTGGAATGGATGGATGGTTCTTGATGTGCCCATCTTCTCCACCGAGCACGAACTGTCTTGGATCCGCGCGCGCGTGCCGTACATACCTCGTCATGCAGGAGTTCAGGTGCTGCCTAATCCTCGGCGGCCCTCACCGCGCCACCGGCGTCTCGCGTCGTCGCTGCCGATCGATCGATCGTCCAGCCCGCCGCCAGTTGAGTTCCGAACCCCGATGCTTATAGCCTCCCATCCCTGGTTAGCAAGCATCGTGTGTATCTTGCATCTCAGACTTGCTTCCTCTTCATCATTCATTCATTCATACTCAAGCATTAATTATTCAGGACCAAGCAAGCGGTAGAATTCAAATTCAATTCGCACAACCCTTTGCTTGTCAGCTAGCTTACCTTGTGTATTGGATTTGAATACATGCTGGTAATCCATCTAATAAGAAAGCGCTGTGTGGCGCTACCTGTCCGTAGTATGGCCGCGCCGACTGTCTGTCGGCTGGCATGGCATGATATACATTCTAGTTATCTTGAACCAAAGGCGACTGTCCGTAGAGTTGCTTGCTCTTGCTTCAGCAGGTGGGAATGGCGCCGTGCACTTGGGTTCGCCTGTCTCAGTTACCAGAGGAGCCTAATCCCATCGTCGCTCGTACGTCGCTCGGATGTCGGCATCAACGACCAGCGCGGCAGCCAGCATGCACAGGCCCGCCGAGAATGATCAGGG 2 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR164 5e-17 zma-MIR164b 2e-68 -82.7 ..........((((((((((((.(((((((...(((((.(((((((((((..((((((((.((..((((((((...(((((.........)))))......))))))))...))))))))))..))))))))))).))))).))))))).....))))))))))))....... (-82.7)