mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGATGAGACAGAGCATG TTTTGATTTGGAGACAGGGATGAGACAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGCGAGGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGCCGGTGCCTCCCCGGTGAAACGATGATGGGAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCGATCCCCC GCATATAGCTGAGATCGTATTACACGCGCTGTCGGGAGGGTGTAATAACTCCCGGATACGGGGGGCTGTACCCACGCACAGGTAAAGCGCGAGCGGAGAGATGGGGGTTGGTTTTGATTTGGAGACAGGGATGAGACAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGCGAGGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGCCGGTGCCTCCCCGGTGAAACGATGATGGGAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCGATCCCCCACCGTTGCCCATCCATCATCTCCCTCTCGCTCTCGTTTATGCTCTTGCCTGCATTCTTTTTCACAGTAGGCATGCAGTACTACTTTTGGTTCTCTTTGCAATATATATACTGCAGGTTTGCTAATCGCTAAGAGCCTAAGAATCTTCCGCCTGGAGTGGACTGTACTTTCAGGAAAAATCGTTCTAAAATATCCGGTCTGCATCTTCGGGGAGGACGATTGGGCGCGACGATGCCTCGGTACCCCAAGAAACAGGATCCCATCGATCGGTGCTCAAGCTCGCCAGCAACCAAAGAAAAGATGCCTCCAAGAAAAACAATTTCCAGCTTCCCCGATTCAACACATGTGGATTAGCACAAACTCTCTTGTTTAGCTTTGATTTAGATCTAGTTCCTCTGAATTGGTCCCACCTAATTCTTGACCCTTCGGGCGGTGTATAGTCGGACGGAGGACTCTCGTTATTATTACCAAAACGCTGCANNAAAAAAAAAANAAAAAAAA 4 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR408 3e-64 zma-MIR408 2e-96 -64.5 .......((((((.((((((.(((.(((.(((.((((.(((((...(((((....(((((.(((.((..((..((((.........)))).)))).))).)))))(((.((...))....)))...)))))..))))).)))).))).))).))).)))))).))))))...... (-64.5)