mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGCATAGGCAGAGCATG GGGGGTTGGTTTTAATTTGAGACAGGCATAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGTGAGTGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGGCTCCCTGGTGAAACGATGATGGCAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCTCCGATCCCCCACCGT AGGTTAGCGCGAGCGGAGAGATGGGGGTTGGTTTTAATTTGAGACAGGCATAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGTGAGTGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGGCTCCCTGGTGAAACGATGATGGCAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCTCCGATCCCCCACCGTTGCCCATCCATCATCTCCCCTCTCGCTCTCGTTTATGCTGTTGCCTGCATTCTTTTTCACAGTAGGCATGCAGTACTACTTTTGGTTCTCTTTGCAATATATATACCTGCAGGTTTGCTAATCAAGCCTAAGAATCTTCCGCCTGGAGTGGACTGTACTTTCAGGAAAATCGTTCTAAAATATCCGGTCTGCATCTTCGGGGAGGACGAGTGGGCGGCATCACGTCGCGACGAGCCGACGATGCCTCGGTACTCCAAGAAACAGGATCCCAATCGATCGGTGCTCAAGC 5 1 3' arm Zea_mays mirnest MIR408 6e-66 zma-MIR408 2e-53 -62.2 (((((((((.........(((.((((...((((((.(((.((((.(((((...(((((..((..(((((...(((..((.((((.........))))))..)))))))).((.........)).))..)))))..))))).)))).))).))))))....)))).)))..)))))))))...... (-62.2)