mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGAGACGAGGCAGAGCATG ACACAGACACACACAGTAAGAGAGCGAGAGGTGGGTTGGGTTTGATCGGAGACAGAGACGAGGCAGAGCATGGGTAGGGGGCCATCAACAGAATTCCAAATTTGATTTCTCGTTTGCTCGCTCACAAAATGGAGGGACTCGCCACAAACACACTCAGGCGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCTCACCGTCTCCCATCCACCTATCCTCTCTCTTTCTCTCTCTCGTTA GACTTACCGTACACAGACACACACAGTAAGAGAGCGAGAGGTGGGTTGGGTTTGATCGGAGACAGAGACGAGGCAGAGCATGGGTAGGGGGCCATCAACAGAATTCCAAATTTGATTTCTCGTTTGCTCGCTCACAAAATGGAGGGACTCGCCACAAACACACTCAGGCGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCTCACCGTCTCCCATCCACCTATCCTCTCTCTTTCTCTCTCTCGTTATGGTTTTGTATAATTTTTTTTTCCTGCATTCTTTTCTCAGTACAAGTCCTACACTAATTTGGCTGTCTTTGCACCAGTACTAATAAACACCGCAGGTCCCTGCAATAGGGTTTACAACAATTCTATTGTAATGACTGCTGTAAAACATCCGCATCATTTAATTCAACTTTCCGGTTTCAGTCAGCCCTGCAAAAGTGCTCCTCCGTTCGTCCGCGTATGGTGTAGGCTTCTGCGGCTCC 4 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR408 1e-89 zma-MIR408b 1e-70 -79.3 ..............((.(((((((.((.((((((((.(((...(((.((((.(((.((.(((((((.(((.(((.(((((((...((((.(((((...)))))..((((((.((((........))))...))))))...(((.............)))))))..)))))))))).))).))))))).)).))).)))).....))).))))))))))).))..))))))).))........... (-79.3)