mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGAGC TCTCAAAGTGGTTGTGAAATG GCTGGGCTCTCAAAGTGGTTGTGAAATGCATTTCCGCTTTGCGCGGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCTTAGC 1 2 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-2 4e-34 dme-mir-2a-1 8e-38 -41.9 ((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....))))))).))))))))).)))))).))))))))) (-41.90)