mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACTGGGCAAAGTGTGTCTCA GGATGCATCTTGTGCAGTTATG GATCCTGGGATGCATCTTGTGCAGTTATGTTCCAATCTCACATCACTGGGCAAAGTGTGTCTCAAGATC 4 0 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-3 8e-32 dme-mir-3 3e-31 -28.7 ((((.(((((((((..((((.((((.((((.........)))).)))).))))..))))))))).)))) (-28.70)