mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGATGAGGCAGAGCATG TTTTGATTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGTGAGGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGGTTCCCTGGCGAAACGATGATGGCAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCGATCCCCC ATGGCATTAGTGGCAGGCAGCAGGTTTGGTAGCACATGCACAGGTAAAGCGCGAGCGGAGAGATGGGTTGGTTTTGATTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGTGAGGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGGTTCCCTGGCGAAACGATGATGGCAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCGATCCCCCACCGTTGCCCATCCATCATCTCCCTCTCGCTCTCGTTTATGCTGTTGCCTGCATTCGTTTTCACAGTAGGCATGCAGTACTACTTTTGGTTCTCTTTGCAATATATATACCTGCAGGTTTGCTAATCAAGCCTAAGAATATTCCGCCTGGAGTGGACTGTACTTTCAGGAAAATCGTTCTAAAATACGTCGCGACGATGCCTCGGTAACCCAAGAAACAGGATCCCATCGATCGGTGCTCAAGCTCGCCAGCAACCCAAAGAAAAGATGCCTCCCAAGAAAAAACAATTTCCAGCTTCCCCGGATTCAACCCCATGTGGGATTAGCACAAAACTCCCCTTGGTTTAGCTTTTGAATTTAGAATCAAAGTCCCTCCTGAAATTGGGTTCCCACCCTAACC 3 0 3' arm Zea_mays mirnest MIR408 1e-91 zma-MIR408 2e-65 -66.1 .......((((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((..((..(((((...(((.....((((.........))))...))))))))(.((...))....).))..)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))))...... (-66.1)