mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCAAGATGTCGGAATAGCTG GCTATGCCTCATCTAGTCAAT CAAATAATGAATTTGGCAAGATGTCGGAATAGCTGAGAGCACAGCGGATCGAGCCTCTTATCGTCCGAAAAAATGTGATTATTTTTGAAAAGCGGCTATGCCTCATCTAGTCAATTGCATTACTTTG 3 1 5' arm Drosophila_simulans mirbase mir-31 2e-61 dse-mir-31b 5e-68 -37.4 (((((((((...(((((.(((((..((.(((((((.........((((.(((........))))))).(((((((....)))))))......))))))).)).))))).)))))...))))).)))) (-37.40)