mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAATTGCTCTCTTTGT AAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGT CGAATAAGTGAATAAAGAGAGCTGTCCGTCGACAGTCCAGAAAGCATTTAATATCACTGTCATGGAATTGCTCTCTTTGTATAATATTCG 2 2 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-46 0.00008 der-mir-281-1 1e-43 -32.51 ((((((..((.(((((((((((..(((((.((((((...................)))))))))))...))))))))))).)).)))))) (-32.51)