mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAGGGGCATGCAGAGGAG CCTGTGCCTGCCTCTTCCATT AGTTTGCTCTGCTGGCTAGTAGCAGCAGCGGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCACGAGCGAGGTGTGGCTGGAAGAAGCAGCCGGGGCCTGTGTGCTATATACCCCCTCGCAAGCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTTCTGCTACGCCATTATATGTTTGCA AGCCATGGCAGGTTGAGAGCATCTCCTCTAGTTCTGGGATAGGGATAGGAATCAGGGTCAGTTTGCTCTGCTGGCTAGTAGCAGCAGCGGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCACGAGCGAGGTGTGGCTGGAAGAAGCAGCCGGGGCCTGTGTGCTATATACCCCCTCGCAAGCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTGTGCCTGCCTCTTCCATTCCTTCTGCTACGCCATTATATGTTTGCAAGCGTCAGAAGTGCAAGCTTCTGCAGTTGACTTGTGACGAGGCAACCAACAGCGAAACATCATCGCTGGCATTCCATTCCACACAGGTCTACTGCATTGTGCTAGTACTAAAAGTTTCTCAGGCTCTGCGTTTTGTTTGCTTGAGATTTTTGTAATCTGCCTTTGGTTTAATTGCTAGATTCTACAGATTCAATTAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Zea_mays mirnest 100 zma-MIR528a 8e-31 -70.4 .((..((..((.((((..(((((((.((.(((((((((((((.(((.(((((...(((.((((.((.(((......))).((.((((...(((((...))))).)))).))..))...))))..)))....))))).))).))))))))))))).)).))))))))))).))...))..)). (-70.4)