mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCATGTCGATTTCATTTCATG TAATTAGCGGAGCACGGCATTGCC CGGTCATGTCGTAATTAGCGGAGCACGGCATTGCCGGCGATAATTAATGACGGTGGTCACGTTGGTTTCATGTCGATTTCATTTCATGACACGGCCG 8 5 3' arm Drosophila_simulans mirbase mir-288 3e-44 dse-mir-288 3e-50 -31.12 (((((.((((((........(((..((((((.(((((((........((((....)))))))))))...))))))..))).....)))))).))))) (-31.12)