mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATATTTAAGTGGAGCCTGCGACT TAAGTCACTTGAGCGTTTGTT AGTTTACAGTAAAATAAATATTTAAGTGGAGCCTGCGACTCCAGTCCCTCTGACTGACTGGGGTAAGTCACTTGAGCGTTTGTTGGCACGTAAAAG 3 5 5' arm Drosophila_simulans mirbase mir-289 1e-43 dse-mir-289 1e-49 -29.5 ..(((((.((..((((((..(((((((((...((...(((((((((.........))))))))).)))))))))))..))))))...))))))).. (-29.50)