mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAAGTCATTCTAGCATTT ATGCTAGAATGATTTACATTG TTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCACATATTCATATTGATGTTAATGAACCTAGGCATATATGGGAAATGCTAGAATGATTTACATTGTGAAA TTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCACATATTCATATTGATGTTAATGAACCTAGGCATATATGGGAAATGCTAGAATGATTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAGCAATTTTGAAAATACAAAGTACGCACCAACATATAGCAATGGACGGGACAAAATAGCGTTGATTACAGGCAGCCCGAAGGCAATGTGCAAAAAACAAATTAAGTACTCGATAAAATAGCTCTGATATTGTGTGCATGGAAACTAAACGGAACAACTAACAGTTAAAGTTCTACCTTATATATAGACTATTTTTCTACTATGCTCGGTTATACTTTGGGCCGGTCAAGTTATTTTTCTTAACTTTAATTTATCAAATTATTGCCACATATGCTCTATTAGACATTTAGCAAATATCTTTATTTAGTACCGTTAAACACATTGGTGTGGTCCTTAATTAATTAATGGGTGACACAGACATATATTTACCTAGAAAAGAGACATTTTACTGAGCTTGCATTGCTGGAATTTATCATTTAAGATGGCAAAGTAAAAGGCCTATTTAAATTAAAAAAAAGGAAATAAAATGCAATGGACCTGGTTTGCTTCCTAATCTGATAAATTAAGCTCAACTCTTGGTTTTGCATTTATAGTTGCATCATTCACCCTTCCATCACCAGATTTTTTAAGGAAACCTTCCATGATCACCTTTAATCTGCTATATATATAAGATAGCCATGTTAATTTCCCAGATTGTGCAGAAGCACTGCATGTACTTCTGGTAAACAAAAATAAAGCGAC 0 0 5' arm Zea_mays mirnest MIR1122 3e-23 osa-MIR809d 6e-21 -43.1 .(((((((((((((((((((((((((((((.(((((.....(((..(((....))).)))....))))).))))))))))))))))))))))))))))) (-43.1)